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怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量

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怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量  
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今天重复的内容是论文中的figure2f

怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量  
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今天的推文主要介绍其中的气泡图，明天的推文介绍如何向气泡图上叠加树形图

按照论文提供的代码得到了画图用到的数据，部分数据如下

怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量  
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但是用他提供的画图代码没有能够画出图来。因为他用到了一个dot_plot()函数，没有找到这个函数是怎么来的。既然已经拿到了数据，就用ggplot2自己来画吧

 读入数据
data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)
 
怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量  
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 基本的散点图
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point()
 
怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量  
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 用Average expression映射颜色，用Percent expressed映射点的大小
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))
 
怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量  
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 接下来是设置主题的一些内容

包括

  • 去掉灰色背景
  • 调整坐标轴字体方向
  • 去掉坐标轴标题
  • 更改配色
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
  scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
  labs(x=NULL,y=NULL)
 
怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量

看完上述内容，你们掌握怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量的方法了吗？如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容，欢迎关注创新互联行业资讯频道，感谢各位的阅读！


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